研究開発の背景・研究目的及び目標
大腸菌の350遺伝子について表現型解析を行い、有用遺伝子データベースの構築を目指す。
これまで生物シミュレーションのための網羅的な表現型データベースは存在しない。
米BioLog社のPhenotype MicroArrayTMを用いると、2,000種類の培地における育成状態を一度に解析できる。3年間で合計百万個（二千培地×五百ORF）の表現型解析を完了する目標を掲げた（下表）。研究開発に必要なリソースは奈良先端大の森教授が提供し、琉球大遺伝子実験センター長の佐藤教授が中心となり解析をサポートした。
データマインニングは、三菱スペース・ソフトウエア㈱より特許使用許諾を得て、アクシオヘリックス㈱にて実施した。
| 年 度 | 解析目標 | 開発目標 |
|---|---|---|
| 平成１６年度 | ・ 2,000 培地 ×100 遺伝子の表現型解析 ・ 表現型解析に用いた環境下での野生株の DNA マイクロアレイ発現解析 |
マイニングアルゴリズム検討、設計およびプロトタイプ試作 |
| 平成１７年度 | ・ 2,000 培地 ×200 遺伝子の表現型解析 ・ 表現型解析に用いた環境下での野生株の DNA マイクロアレイ発現解析 |
マイニングアルゴリズムの評価 |
| 平成１８年度 （最終年度） |
・ 2,000 培地 ×200 遺伝子の表現型解析 表現型解析に用いた環境下での野生株の DNA マイクロアレイ発現解析 |
マイニングシステム・遺伝子有用性データベースの完成（本研究開発のデータ量に対応できる仕様とする） |
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- at 2007年06月07日
