バイオテクノロジー｜研究成果報告

本研究は、生物シミュレーションの為の網羅的な大腸菌表現系データベースの構築及び解析手法の確立を目指し、2004 年にスタートした。大腸菌全遺伝子欠失株セット『Keio collection』を使用し、それぞれの欠失株に対して米国BIOLOG社のPhenotypeMicroarray（PM）を用いて表現系を解析、データベース化すると共に、インフォマティクス的アプローチによる解析を行うものである。

平成17年度は、主に代謝系酵素遺伝子を欠失させた変異株107 株、野生株1株の表現系を解析し、グラフクラスタリング法を用いてクラスタリング解析を行った。その結果、代謝マップ上で近傍にある遺伝子が同一クラスタに分類される、とうい興味深い傾向が見られた。平成18年度はさらに、代謝系酵素遺伝子及び機能未知遺伝子などを欠失させた42の変異株について表現型解析を行い、前年度の結果と合わせて159 株のクラスタリング解析の検証及び新たな解析手法の導出を試みた。また、すべての表現系解析の結果をデータベース化し、Ｗｅｂによる公開を開始した。